一般的にjQueryは
タグ内に記述するので、ソースのロード順にソースが実行されるとすれば、jQueryが何かの操作をするためにHTMLソース内のIDやクラスを参照したときに、そのIDやclassはまだロードされずにブラウザー上には存在しないことになる。そこで、jQueryの実行をHTMLソースロード終了まで遅延させる記述$(function(){})が必要になる。
例えば、以下のロジックのjQueryソースがあった場合、
<script> $('#sample1').hide(); </script>
という記述を、次のように変えます。
<script> $(function(){ $('#sample1').hide(); }); </script>